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Sota

ler um caracter;

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	printf("Funcao da estacao n %d: \n",estacoes[j]);

	scanf("%c",&s);
	printf("\ntecla: %c*",s);
	while(s!='s' && s!='e'){
		printf("Funcao da estacao n %d: \n",estacoes[j]);
		scanf("%c",&s);
		printf("\ntecla: %c",s);
	}
	modo[j]=s;

Quero ler uma variavel, mas ele passa por cima do do primeiro scanf. só para no segundo.

Tou a utilizar o scanf porque já experimentei o getchar(), mas tambem não dá?

como posso fazer isso ???

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Provavelmente tens de limpar o buffer de entrada:

scanf("%*c");

Coloca isto antes de cada scanf a ver se resolve.

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